Gdy niespecjaliści rozmawiają na temat ewolucji biologicznej, często mylą dwa różne aspekty jej definicji.
Z jednej strony istnieje bowiem kwestia tego czy współczesne organizmy wyewoluowały z dawniejszych organizmów-przodków i czy współczesne organizmy ciągle zmieniają się wraz z upływem czasu.
Z drugiej strony mamy pytania mechanizmy obserwowanych zmian - w jaki sposób ewolucja zachodzi?
Biolodzy samo istnienie ewolucji biologicznej uznają za fakt. Jej obecne działanie można wykazać, a jeżeli chodzi o przeszłość, to dowody na jej działanie są także przytłaczające.
Jednak biolodzy chętnie przyznają, że są mniej pewni co do dokładnego mechanizmu ewolucji - istnieje bowiem kilka teorii na temat mechanizmów ewolucji.

Stephen J. Gould opisał to lepiej niż ktokolwiek:
W amerykańskim języku potocznym "teoria" często oznacza "niedoskonały fakt" - jeden z poziomów hierarchii pewności kolejno malejącej od faktu przez teorię i hipotezę do domysłu. I tu leży siła argumentacji kreacjonistów: ewolucja to tylko "teoria" i obecnie wre intensywna debata na temat wielu aspektów tej teorii. Jeśli ewolucja jest czymś gorszym niż fakt, a naukowcy nie potrafią zdecydować się co do teorii, to jakie dowody mamy na jej istnienie? Prezydent Reagan powtórzył ten argument przed grupą ewangeliczną w Dallas mówiąc: "No dobrze - to teoria. To tylko naukowa teoria, która w ostatnich latach była kwestionowana w świecie nauki, a to oznacza, że społeczność naukowa nie uważa go już za tak niepodważalną jak niegdyś".

Cóż, ewolucja to teoria. Jednak jest ona także faktem. A fakty i teorie to dwie różne sprawy - nie są one szczeblami hierarchii rosnącej pewności. Fakty to dane.
Teorie to konstrukcje myślowe, które wyjaśniają i interpretują fakty. Fakty nie znikają, gdy naukowcy dyskutują nad wyjaśniającymi je konkurencyjnymi teoriami. Dwudziestowieczna teoria grawitacji Einsteina zastąpiła wcześniejszą teorię Newtona, ale jabłka nie zawisły w powietrzu w oczekiwaniu na wynik debat naukowców. A ludzie ewoluowali od podobnych do małp przodków niezależnie od tego czy miało to miejsce w wyniku działania mechanizmów zaproponowanych przez Darwina, czy też innych - jeszcze nie odkrytych.

Ponadto "fakt" nie oznacza "absolutnej pewności"; w ekscytującym i skomplikowanym świecie nie ma czegoś takiego.
Ostateczne dowody logiki i matematyki płyną z dedukcji od ustalonych przesłanek oraz wynikają z osiągnięcia pewności tylko dlatego, że NIE DOTYCZĄ one świata empirycznego.
Ewolucjonista nie rości sobie praw do prawdy ostatecznej, co często czynią kreacjoniści (atakując nas fałszywie za styl argumentacji który sami preferują).
W nauce "fakt" może tylko oznaczać "potwierdzony do takiego stopnia, że byłoby perwersją nie przyznawać mu tymczasowej racji". Przypuszczam, że jabłka mogłyby zacząć rosnąć już jutro, ale w pracowni fizycznej "możliwość" nie ma takiej samej wartości jak "pewność".

Ewolucjoniści od samego początku bardzo wyraźnie rozróżniają fakt i teorię - zawsze twierdziliśmy, że jesteśmy bardzo daleko od pełnego zrozumienia mechanizmu (teorii), dzięki któremu ewolucja (fakt) nastąpiła. Darwin zawsze kładł nacisk na różnicę pomiędzy tymi dwoma różnymi dokonaniami: stwierdzenia istnienia ewolucji a zaproponowania teorii - selekcji naturalnej - mającej wyjaśnić mechanizm ewolucji.

Stephen J. Gould, "Ewolucja jako fakt i teoria"; Discover, May 1981

Gould wyraża pogląd dominujący w środowisku naukowym. Innymi słowy: eksperci od ewolucji uważają ją za fakt. Nie jest to idea którą wymyślił sam Gould, na co wskazuje następujący cytat:

Pozwólcie mi wyjaśnić, co na temat ewolucji jest pewne ponad wszelką wątpliwość, a co wymaga jeszcze badań. Ewolucja jako proces, który zawsze miał miejsce w historii Ziemi, może być poddawana w wątpliwość tylko przez tych, którzy ignorują dowody lub opierają się im - ze względów emocjonalnych lub też z powodu zwykłej bigoterii. Z drugiej strony, sam mechanizm będący przyczyną ewolucji wymaga badań i wyjaśnienia. Nie ma żadnej alternatywy dla ewolucji jako historii, która wytrzymałaby krytyczne badanie. Ale ciągle uczymy się nowych i ważnych faktów na temat mechanizmów ewolucji.

Theodosius Dobzhansky "Nothing in Biology Makes Sense Except in the Light of Evolution", American Biology Teacher vol. 35 (March 1973) przedruk w "Evolution versus Creationism", J. Peter Zetterberg ed., ORYX Press, Phoenix AZ 1983