Nauka nie jest prostym procesem falsyfikacji hipotez. Filozofia nauki to nie tylko poglądy Poppera, które nie są przyjmowane bez zastrzeżeń. Ewolucja jest falsyfikowalna -- w zwykłym znaczeniu tego terminu w praktyce naukowej.

Zarówno filozofowie jak i kreacjoniści często wyrażają pogląd, jakoby darwinizm nie był falsyfikowalny i jako taki nie był nauką.
Podstawą takich stwierdzeń jest opinia, że nauką jest tylko to, co podlega falsyfikacji czyli to, czego fałszywości można dowieść, przynajmniej w zasadzie1. Pogląd ten, pochodzący od Poppera, nie jest jednak wcale powszechnie akceptowany. Nieco historii filozofii powinno pomóc nam rozeznać się w sytuacji.

W czasach, kiedy Darwin formułował swoją wizję ewolucji, obowiązującym wzorem teorii naukowej był program Newtona. Podstawowe w nim znaczenie miały prawa, które determinowały wszelkie wyniki eksperymentów.
Nauka poszukiwała uogólnień. Darwin próbował uprawiać naukę w stylu Newtona ale został "skarcony" przez autorytety w tej dziedzinie, takie jak dwaj jego znajomi i mentorzy -- Whewell i Hershell, którzy odrzucili teorię ewolucji jako nieprzystającą do obowiązującego modelu nauki.

William Whewell był pierwszym prawdziwym filozofem nauki, spadkobiercą angielskiej i szkockiej szkoły empirycznego ,,zdrowego rozsądku''.
Odrzucił pogląd Hume'a, jakoby zasada indukcji (formułowanie reguł lub praw nauki za pomocą uogólnienia wyników pojedynczych obserwacji) była niepoprawna, chociaż nie zaprzeczał logicznej sile jego argumentu, wedle którego zgromadzenie żadnej ilości danych nie uprawnia do formułowania prawd ogólnych.
Whewell zaproponował tak zwaną zasadę ,,wzajemnej zgodności indukcji'' (ang. consilience of inductions)- im więcej poszczególnych przypadków potwierdza ogólną regułę, tym bardziej jest ona wiarygodna. Taką właśnie zgodność próbował osiągnąć Darwin, co częściowo tłumaczy, dlaczego tyle lat poświęcił na gromadzenie przypadków potwierdzających jego teorię, sądząc, że postępuje we właściwy sposób [Ruse 1979].

Inną szkołą myśli był pozytywizm. Za jedyną prawdziwą wiedzę pozytywiści uznawali wiedzę naukową, na którą składały się jedynie prawdy dowiedzione w sposób pozytywny (ang. positively established proofs). Znaczyło to, że pozytywiści powinni być w stanie odróżnić naukę prawdziwą od pseudonauk, takich jak frenologia4, spirytualizm i inne zwariowane teorie pojawiające się w dziewiętnastym wieku.
Jednym z wpływowych pozytywistów był fizyk Ernest Mach (ten od prędkości Macha), jego poglądy dały początek logicznemu pozytywizmowi, który rozwijajał się w krajach niemieckojęzycznych, a koncentrował w Wiedniu. Logiczni pozytywiści utrzymywali, że nauką jest tylko to, co podlega weryfikacji.
Jako uzasadnienie takiego poglądu przywoływali rozmaite reguły, łącznie ze słowami Hume'a, wedle których wszystko to, co nie wynika w sposób logiczny z faktów empirycznych lub prawd matematycznych, zaliczyć należy do metafizyki -- co było dla pozytywistów równoważne ze stwierdzeniem nonsensowności każdej nieweryfikowalnej teorii. Gdy zauważono, że zasada weryfikowalności sama nie jest weryfikowalna -- a zatem jest nonsensowna -- szkoła rozpadła się5.

Logiczny pozytywizm zainspirował młodego Karla Poppera6do zaproponowania swojego sposobu odróżniania nauki (której wzorem stała się nowa fizyka) od pseudonauki (której wzorami były marksizm i freudyzm). Popper akceptował zasadność stwierdzeń metafizycznych, ale uważał, że nie mogą one należeć do nauki.
Poglądy Poppera (odmiana logicznego empiryzmu) nazwane zostały "falsyfikacjonizmem".
Zgodnie z nimi, "naukową" można nazwać teorię, która może być uznana za fałszywą, gdy pojawią się odpowiednie dane podlega testowaniu przy pomocy obserwacji i eksperymentów pozwala na formułowanie przewidywań.

Prawdziwi Naukowcy Formułują Przewidywania - na tym polega Naukowa Metoda Działania. Popper zdawał sobie sprawę z drobnej przeszkody - wiedział, że zasada falsyfikowalności sama nie jest falsyfikowalna, a więc w jawny sposób należy do metafizyki. Jasne jest więc, czemu Popper, zwolennik ewolucjonizmu, nazywał darwinizm metafizycznym programem badawczym i uważał, że jest on falsyfikowalny nie bardziej, niż pogląd, że matematyka opisuje świat, choć równie podstawowy dla współczesnej biologii [Popper 1974: ustęp 37].

Taki obraz zaczęli najpierw psuć socjologowie i historycy nauki, tacy jak Robert Merton, a później Thomas Kuhn. Oliwy do ognia dolała zwłaszcza książka Kuhna [1962].
Podczas gdy Popper sądził, że dokonuje "destylacji" esencji nauki, otrzymując w ten sposób zestaw reguł, które spełniać muszą teorie naukowe, Kuhn i inni zauważyli, że żadna dziedzina nauki nie pasuje do tego modelu.