Jeżeli jednak stany cechy w każdej z outgrup są różne, to wnioskowanie o stanie tej cechy u formy kopalnej jest ambiwalentne. Ambiwalencja taka może zostać rozstrzygnięta na drodze optymalizacji cech tylko wtedy, jeżeli dostępna jest jeszcze dalsza, trzecia outgrupa (ryc. 2), która określa stan cechy w korzeniu kladogramu i umożliwia zastosowanie każdego ze sposobów OC.

Ryc. 3. Rekonstrukcja filogenezy głównych grup lepidozaurów (po lewej) i oparta na niej optymalizacja dwóch cech: chwytania pokarmu językiem (lingual prehension) i szczękami (jaw prehension) (wg Weishampel 1995).
Współczesna klamra Iguania-Scleroglossa nie rozstrzyga sposobu pobierania pokarmu przez najstarszą gałąz Iguania (reprezentowaną tutaj przez Pristiguana z gónej kredy Brazylii).
Dopiero dzięki dodaniu tuatary (Sphenodon) jako trzeciej outgrupy chwytanie szczękami okazuje się być najprawdopodobniej apomorfią Scleroglossa, a chwytanie językiem symplezjomorfią Sphenodon i Iguania, która najprawdopodobniej zachowała się również u Pristiguana.

Metoda filogenetyczna oczywiście nie może być stosowana do wnioskowania o funkcji takich struktur kopalnych, które nie występują u współczesnych outgrup. Dla takich przypadków stosowna jest tylko rekonstrukcja paradygmatyczna.
Na przykład oczywiste jest, że 2. palec stopy teropodów opatrzony sierpowatym pazurem funkcjonował inaczej niż homologiczne palce krokodyli i ptaków.

Metoda filogenetyczna jest probabilistycznym sposobem przypisywania organizmom kopalnym cech dzisiejszych organizmów i jako taka opiera się na założeniu skrajnego aktualizmu, które na pewno nie zawsze jest całkiem prawdziwe.
Metoda ta była też skrytykowana jako sposób na kreowanie abstrakcyjnego "everyanimal" o uśrednionych cechach współczesnych taksonów. Na szczęście wnioski z zastosowania tej metody są weryfikowalne albo metodą paradygmatyczną albo bezpośrednio przez zapis kopalny, który przy fachowym odczycie dostarcza informacji nawet na temat zachowań kopalnych zwierząt (takich jak opieka rodzicielska) albo fizjologii ich organów miękkich (np. jajowodu na podstawie budowy skorupki jajowej i struktury zniesienia).

Literatura

Bryant, H.N. & Russell, A.P. 1992. The role of phylogenetic analysis in the inference of unpreserved attributes of extinct taxa. Philosophical Transactions of the Royal Society of London B, 337, 405-418.

Kitching, I.J., Forey, P.L. Humphries, C. J., & Williams D. M. 1998. Cladistics. 2. wyd. 228 pp. Oxford Universiy Press.

Lauder, G.V. 1995. On the inference of function from structure. In: J. Thomason (ed.) Functional Morphology in Vertebrate Paleontology, 1-18. Cambridge University Press.

Lloyd, E.A. 1994. The Structure and Confirmation of Evolutionary Theory. Princeton University Press, Princeton.

Raup, D.M. & Stanley, S.M. 1978 (1984). Podstawy Paleontologii. 526 pp. PWN, Warszawa.

Rudwick, M.J.S. 1964. The inference of function from structure in fossils. British Journal for the Philosophy of Science 15, 27-40.

Thompson P. 1989. The Structure of Biological Theories. 000 pp. State University of New York Press, Albany.

Weishampel, D.B. 1995. Fossils, function, and phylogeny. In: J. Thomason (ed.) Functional Morphology in Vertebrate Paleontology, 34-54. Cambridge University Press.

Witmer, L.M. 1995. The Extant Phylogenetic Bracket and the Importance of Reconstructing Soft Tissues in Fossils. In: J. Thomason (ed.) Functional Morphology in Vertebrate Paleontology, 19-33. Cambridge University Press. Wu, X.-C. & Russell, A.P. Functional Morphology. In: P.J. Currie & K. Padian (eds) Encyclopedia of Dinosaurs, 258-268. Academic Press.