Chronofiletyka

Sposób formułowania hipotez o przebiegu ewolucji (filogenetycznych) ma więc fundamentalne znaczenie z punktu widzenia metodologii nauki. Zależnie od tego przebieg ewolucji może być przedmiotem badań naukowych lub jedynie nietestowalnych narracji.
Hipotezy ewolucyjne powinny mieć taką postać, by możliwe było ich testowanie przy pomocy danych empirycznych, czyli danych o zmianach anatomii w czasoprzestrzennych koordynatach wywnioskowanych ze skamieniałości.
Z tego punktu widzenia nie są istotne nazwy, ani klasyfikacja. Przecież nawet w przypadku oczywistej ciągłości następstwa próbek paleontolodzy zwykle nadają poszczególnym populacjom osobne nazwy, choć w ciągach takich nie ma zjawiska formowania gatunków, czyli specjacji. Nie o arbitralne decyzje nomenklatoryczne chodzi, lecz wnioski co do natury przemian anatomicznych, ich następstwa w czasie geologicznym i lokalizacji geograficznej.

Podstawą wnioskowań o przebiegu ewolucji w paleontologii są w każdym przypadku populacje kopalne. Nie konstrukcje teoretyczne powstałe w umysłach badaczy (czyli taksony), lecz obiektywne byty istniejące w określonych miejscach czasoprzestrzeni.
By miejsca te precyzyjnie określić, populacje powinny być reprezentowane przez próbki z możliwie wąsko geograficznie ograniczonych stanowisk kopalnych, co pozwala uniknąć mięszania populacji o różnych cechach, i z warstw skalnych osadzonych w możliwie wąskim przedziale czasu geologicznego. Na tyle krótkim, by nie obejmował znaczących zmian ewolucyjnych. Nierzadko populacje kopalne są zresztą reprezentowane przez pojedyncze osobniki, co usuwa problemy z określeniem ich koordynat czasoprzestrzennych.
Zarówno hipoteza o istnieniu wyodrębnionej genetycznie populacji kopalnej jak hipoteza ewolucyjna przodek-potomek są więc prezentacją ewolucji pojmowanej jako proces fizyczny: populacja daje opis jego chwilowego stanu.

Z gruntu odmienną naturę metodologiczną mają wydzielenia taksonów i oszacowywanie stopnia pokrewieństwa krwi między nimi.
Same taksony są mniej lub bardziej subiektywnymi zgrupowaniami danych o gatunkach. Również ich zasięgi czasowe są subiektywnie określane i stale się zmieniają w miarę dopływu danych i zmian interpretacji (np. w wyniku definiowania cech morfologicznych).

Formułując hipotezę przodek-potomek w oparciu o jakikolwiek rodzaj zapisu kopalnego stosuje się zasady jednakie dla wszystkich organizmów. Jednym z podstawowych kryteriów wartości hipotez jest łatwość ich falsyfikacji, a ta jest paradoksalnie tym większa, im uboższy jest zapis kopalny. Wystarcza wówczas pojedyncze znalezisko, by radykalnie zmienić naświetlenie zagadnienia. Archaeopteryx, przedstawiciel grupy o do niedawna bardzo ubogim zapisie kopalnym, jest tego dobrą ilustracją.

Chronofiletyka umożliwiła identyfikację nader kompletnych serii przejść morfologicznych. Postęp badań pozwala na stopniowe łączenie ze sobą coraz większej liczby całych gromad i typów świata zwierzęcego i roślinnego.
W coraz większej liczbie serii hipotez przodek-potomek przeskoki dochodzą do poziomu konwencjonalnych różnic między rodzajami w obrębie jednej rodziny. W zasadzie nie ma w tej dziedzinie ograniczeń a priori wynikających z natury materiału paleontologicznego.
Metoda ta w równym stopniu jest stosowalna do amonitów, co żebropławów. Odmienne pozostają jedynie szanse na korroborację hipotez.