Argument Kenyona o tym, że do syntezy białek potrzebne są białka przypomina twierdzenie, że pierwszy samochód nie mógł powstać, bo do fabryki samochodów części przywozi się samochodami. Enzymy wspomagające syntezę białek są zaawansowanym mechanizmem usprawniającym efektywność tego procesu.
Pierwsze samopowielające się twory organiczne mogły w ogóle nie zawierać białek (świat RNA).

Nie ma dowodów istnienia wolnego tlenu w najstarszej atmosferze Ziemi. Tlen jest pierwiastkiem silnie reaktywnym i normalnie wchodzi w reakcje z innymi pierwiastkami (dlatego nie ma go też w atmosferze innych planet).
W naszej atmosferze utrzymuje się wyłącznie dzięki intensywnej fotosyntezie. Świadectwem pojawienia się tlenu (w mniejszych niż dziś ilościach) są dopiero wstęgowe formacje żelaziste, podstawowe rudy żelaza, które powstały, kiedy tlen zaczął wiązać się z rozpuszczonymi w wodzie morskiej kationami żelaza i spowodował wytrącanie się nierozpuszczalnych tlenków (do dziś jest w nich uwięzione 20 razy więcej tlenu niż w atmosferze).
Dopiero po wysyceniu żelaza, mniej więcej 2 miliardy lat temu nadwyżka tlenu mogła zacząć się kumulować w atmosferze. A życie powstawało około 4 miliardów lat temu.

Hoyle i Wickramasinghe, udowadniając swą wersję hipotezy panspermii (o kosmicznym pochodzeniu zarodków życia, notabene antykreacjonistyczny, bo Hoyle uważał wszechświat za stacjonarny, a więc odwieczny, bez początku) popełnili błąd metodologiczny licząc prawdopodobieństwo biogenezy.
Wzięli na warsztat konkretne istniejące dziś białko i policzyli prawdopodobieństwo losowego powstania tej akurat sekwencji (bliskie zeru). Tak samo można post factum policzyć prawdopodobieństwo dowolnego zdarzenia (powstania śnieżynki o tym, a nie innym kształcie, spotkanie się tego plemnika z tą komórką jajową, które dały naszą zygotę - i powtórzyć to dla kilku pokoleń wstecz).
Można w ten sposób "udowodnić" niemożliwość naszego istnienia i padania śniegu.
Tymczasem w białka też ewoluują. Nawet białka o tej samej funkcji silnie się od siebie różnią (tym bardziej, im odleglej spokrewnione są organizmy, co umożliwia odtwarzanie pokrewieństw ewolucyjnych nawet dla grup z ubogim zapisem kopalnym).

Zresztą naprawdę istotna np. dla katalitycznych właściwości enzymu, jest głównie krótka sekwencja aminokwasowa jego centrum aktywnego. Trzeba by więc zapytać, jakie jest prawdopodobieństwo, że przypadkowa sekwencja aminokwasów będzie miała właściwości enzymatyczne.
A to prawdopodobieństwo jest już spore, zwłaszcza w zestawieniu z liczbą molekuł w oceanie "bulionu pierwotnego" Oparina i ilością możliwych reakcji chemicznych w ciągu, powiedzmy, stu milionów lat.

Dembski, teolog i matematyk, buduje modele liczbowe potwierdzające jego wiarę, ale mają się one nijak do empirii przyrodoznawstwa. Jeżeli będą z nich wynikały konkretne testowalne przewidywania, które znajdą potwierdzenie obserwacyjne w nowych faktach, zapewne zostanie potraktowany poważnie przez badaczy.
Jednak w przeszłości wielu matematyków i fizyków udowadniało, dlaczego trzmiel nie może latać itp. Sprawdzianem hipotez w przyrodoznawstwie jest pozytywny model (moja hipoteza zakłada, że to i to, a więc wynik nietrywialnego doświadczenia będzie następujący - i niezgodny z wynikiem sugerowanym przez konkurencyjną hipotezę).

Nie jest natomiast uznawane za zadowalające rozumowanie negatywne: "świat jest strasznie skomplikowany i nie do pojęcia, a zatem inni naukowcy nie będą go mogli nigdy wyjaśnić, a zatem musi za tym się kryć mój Bóg".
To może być pogląd filozoficzno-religijny, ale nie jest to testowalna hipoteza naukowa.